上海中医药大学教务处下设教学综合事务科、课程计划科、考务科、临床实习科、教材科、选课中心等部门。是负责全校全校本（专）科教育、教学工作的职能机构。主要职责有：
1、在校长领导下，根据上级领导部门的指示规定，结合学校的实际情况，研究并提出本校中医药医学教育事业发展规划。
2、组织拟定和修订学校及各院、部教学管理规章制度，并负责检查教学管理各项规章制度的执行。
3、负责编制和审订教学计划，组织各院、部专业编制课程教学大纲，并检查执行情况（包括毕业的实施计划）。
4、组织审订全校各学年的教学工作计划，协调编制各学期的全校教学任务书，负责全校各院、部专业、各年级开设课程的审核和协调。
5、组织各院、部制定实习计划和大纲，检查督促实施计划。
6、负责拟定教材建设计划，组织实施。组织全校优秀教材的评选工作。
7、负责全校教学业务经费的预算与分配。
8、及时总结本校开展教学改革经验，组织专业、学科、教师的教学质量评估工作，开展教学研究。根据校内外各种信息反馈，提出稳定教学秩序、改进与提高教学质量的措施。
9、负责检查教学运行过程中的质量，检查各院、系学生成绩考核、学籍管理（含留学生）工作情况，负责学校教室的使用协调，负责教学基地建设及联系；负责组织好学期考试、综合考试及毕业考试，管理好学生重修、免听、退学、复学及转学工作。
10、会同人事处搞好师资培养，职称评审及教书育人的组织工作。
11、配合学生管理部门在教学管理过程中做好学生日常思想教育工作。
12、负责组织毕业考试，毕业论文答辩，毕业综合测评，毕业生资格审查工作。
13、负责学校交予的教学评估准备工作。
